明朝天啟年間，日本將軍小澤正雄(王紅舟 飾)在爭奪幕府大將的政斗中失勢，率領殘部數千之眾，逃到我國東南沿海，結集海盜，為禍中華。其時，明朝皇帝年幼，大太監王其(馬玉輝 飾)專政，王其妄圖謀朝篡位，與倭寇相互勾結，殘害忠臣，毀我朝柱。百姓生活在水火之中，大明江山面臨內憂外患，岌岌可危。　　故事的主角徐子豪(張倬聞 飾)乃京都總兵徐超之子，從小是大明皇帝的玩伴。他天資聰慧，機智多端，但貪圖玩樂不務正業。由于徐子豪的父親徐超一直在維護大明朝綱，與奸臣王其積下仇怨，王其設計陷害徐超勾結倭寇，將徐超滿門抄斬，只有徐子豪被少林高僧所救逃出生天。　　在公主朱若琴(馨子 飾)的鼓勵和陪伴下，徐子豪逃到少林寺想練就一身武藝，報仇雪恨。少林方丈得知徐子豪學武為了報仇，本不愿接納，但同情徐子豪遭遇，加上徐子豪天資獨具，擁有過目不忘的能力，于是安排徐子豪做了一名藏經閣的小小武僧。　　方丈將徐子豪留在寺里，一方面是想保護他，但更深考慮是希望讓他在佛理中漸漸洗滌充滿仇恨的內心，激發他過人的天賦，從而發揮在更重要的場合。徐子豪平時只能接觸到和武術無關的佛經，想要學武的他心急如焚。機緣巧合，他終于看到了第一本武術經書《少林迷蹤拳經》，他偷偷練習迷蹤拳法，還打退了倭寇派來半夜前來偷盜經書的黑衣人。　　好友吳心同(王鶴鳴 飾)與徐子豪一起來到少林，卻未能進寺，在山下等待時卻遇上了瓦拉部公主格爾樂(張穎 飾)，吳心同對格爾樂一見鐘情，想盡辦法終于得到格爾樂芳心。沒想到格爾樂對吳心同要求甚高，讓吳心同每天練武，吳心同吃足苦頭，甚至想要出家躲避格爾樂，但他也因此練就了一身絕好輕功。　　徐子豪每天被公主朱若琴催促練武，和她在一起，徐子豪倍感壓力，在少林寺的日子他又找不到傾訴對象，不知不覺，他和一個被自己從市集上救回來的啞巴女孩變成了無話不說的好朋友。啞姑從來是只聽不說，變成了徐子豪最好的傾聽者。但這個啞巴姑娘并不像表面上看起來那么善良，她其實是倭寇女忍者，混入少林就是為少林寺藏經閣的經書。　　徐子豪發現啞姑行為詭異，就用假經書試驗，果然試出啞姑是內奸，啞姑的同伙看暗偷不成改為明搶，徐子豪連同少林武僧趕走了一眾倭寇武士。徐子豪故意放走了啞姑，雖然明知啞姑是倭寇，但他心中對這個女孩已經有了不一樣的感覺。　　瓦拉部公主格爾樂此次中原之行本也是奉命前來討教少林武術，希望得到藏經閣的經書，但格爾樂生性豪邁，通過比武見識到少林武術的厲害后放棄了索要藏經閣經書的打算。　　徐子豪經啞姑欺騙后有些心灰意冷，加上自信自己早已練就好武功，便回京去找王其報仇，雖將王其打傷，但自己也被王其重傷俘獲，關鍵時刻還是少林方丈出手相救。為了救徐子豪性命，方丈拿出了《易筋經》給徐子豪修煉。在少林瑰寶《易筋經》幫助下，徐子豪終于在武學上更進一步，同時他在不斷的修煉中也領悟到了更加高深的禪理，徐子豪改頭換面，舉手投足已經完全不同往日。　　王其終于查到徐子豪躲在少林寺，派人來抓徐子豪，皇帝派出信使通知徐子豪。徐子豪見到信使后，為了不拖累少林，決定帶著公主和吳心同一干人等前往東南沿海抗倭。來到東南沿海徐子豪才知道倭寇首領不是別人，正是啞姑小澤瑪麗的哥哥小澤正雄，徐子豪利用自己在藏經閣學習到的武術和兵法，一改當地抗倭頹勢，并最終捉住了小澤正雄。　　王其得知小澤正雄抓，害怕自己勾結倭寇的事敗露，發出追殺令，一定要在小澤正雄回京路上殺掉他，還派人和瓦拉部國王聯合，想里應外合顛覆朝廷，自立為王。　　徐子豪歷經險阻，克服沿途刺客把小澤正雄帶回京城，但大明公主朱若琴又被小澤瑪麗抓去，徐子豪為了公主只得放掉小澤正雄。小澤正雄最終被王其所殺。小澤瑪麗抱著哥哥尸體黯然離開中國。瓦拉部兵臨城下，京城內的兵權又被王其掌握，皇帝雖然早知王其會反但此時還是束手無策。徐子豪聯合少林高僧沖出包圍，在吳心同和瓦拉部公主格爾樂的勸說下，瓦拉部國王同意反戈幫助大明皇帝。電視劇少林藏經閣劇照　　徐子豪帶著瓦拉部勇士沖回皇宮護主，王其要搶先一步殺掉皇帝，卻一掌打死了公主朱若琴，徐子豪看到公主倒下和王其展開了一場大戰，王其武功高過徐子豪，但徐子豪還是把王其當場誅殺。　　一場叛亂就此平定，大明也擺脫了東南沿海倭寇之亂，瓦拉部與大明結為友邦。面對皇帝的獎賞，徐子豪卻不要官職，自愿回到少林寺藏經閣做一名普通僧人。　　電視劇《少林藏經閣》講述了少年英雄徐子豪臥薪嘗膽，從全家慘遭奸賊殺害的悲慘命運中成長起來，最終一洗家仇國恨的故事。劇情除了保有以往少林題材影視劇的精髓之外，力求創新，加入了更多現代氣息和豐富的情感內容，看點十足;劇中，張倬聞 飾演的徐子豪，分別與當朝公主、倭寇女首領存在感情糾纏，他對公主從誤解到喜歡、從喜歡到愛慕，在磨擦和戰爭中建立了深厚的感情;對倭寇女首領的感情則更為復雜，一方面是仇人，一方面又有私人情感;而文武雙全的蒙古公主也一度認為自己喜歡的人是徐子豪。錯綜復雜、跌宕起伏的愛情故事，使該劇的在劇情上有了更大的突破，也是體現男一號獨特魅力的點睛之筆。