1938年，小女孩瑪雅在和父母出去郊游的時候，突然消失；黑人Richard在1951年的朝鮮戰場被毆打后消失；三年前，Shawn和他的表弟Kyle在沙灘喝酒時消失，而他的表弟Kyle成了植物人……Kyle的父親Tom是國家安全局NTAC的特工，他一直困惑這些奇怪的事情。某天，天空突然出現一顆很亮的彗星，眼看就要撞上地球，世界各地都發射了導彈，可惜沒用。大家都以為世界末日即將來到……可是這個巨大的飛行物并沒有毀滅地球，它炸裂在一個大湖邊，濃煙過后，出現的竟然是60年內神秘失蹤的4400個人。湯姆和黛安娜被任命調查此次事件……返回者都被釋放，但是隨之而來的奇異事件層出不窮……