本劇講述1937年南京大屠殺的四十九日里發生的故事。日本軍隊進入淪陷的南京城，奉命掩埋中國死難士兵和戰俘尸體。與此同時，市中心的圣馬德倫教堂中迎來了一群不速之客，十來個女學生和秦淮河女子，她們殊途同歸只為同一件事――逃難。緊接著許多男人也因為各種原因進入了教堂。　　圍墻外的日軍尋找各種借口進入教堂，圣馬德倫教堂的后院成為他們填埋尸體掩蓋罪證的目標，國際安全區的組織者嘗試各種解救教堂被困人員的方案，卻屢屢失敗。　　教堂中的男人們為了保護藏在教堂閣樓和地窖中的女人，獻出了自己的生命，女人們或者選擇了有尊嚴地死去，或者進行了最壯烈的抵抗。四十九日祭劇照　　在這四十九個日夜里，他們和他們，在一次次地求生、抵抗、毀滅和復活中締結了愛情、親情和友情，曾懦弱地變成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虛無的得到了收獲、曾有罪的完成了救贖。　　四十九日祭主要人物介紹　　玉墨(小宋佳 飾)(小宋佳 飾)----秦淮河畔頭牌，13個躲避戰火的秦淮河上的風塵女子之一。當女學生們不甘被日軍凌辱，準備集體自殺，被以玉墨為首的妓女們救下，成為了保護眾人的英雄。　　法比(張嘉譯 飾)(張嘉譯 飾)----一個愛錢如命的酒鬼，只為負責給死去的英格曼神父化妝，才進入了教堂。但為了救助教堂里的學生，留了下來成為一名偽神父，他同時也收留了“金陵十三釵”(十三個青樓女子)。　　戴濤(胡歌 飾)(胡歌 飾)----陸軍少尉，鐵血硬漢一個槍法高超的狙擊手。率領十幾名士兵，拼死守護著南京城。　　日本軍官(文章 飾)----日本軍官要求女學生去日軍慶功會表演。　　孟書娟(張歆怡 飾)----教堂中女學生之一。父親成為漢奸，面對同伴的質疑與嘲諷時，展現出堅定的一面。她還救了秦淮河的十三位妓女，在面對日軍時，即使內心十分害怕，但卻不膽怯。