楊燦(朱雨辰 飾)接詩文回家，他想讓詩文成為世界上最幸福最快樂的女人。趁楊燦看孕驗報告書的時候，詩文用手機打字告訴楊燦，沈莉是真的那敏(王力可 飾)，她的犧牲是組織安排的，這一年一直潛伏在BY集團當清潔工。楊燦得知這個消息話都說不出來了，那敏沒有犧牲讓他如釋重負。

教授升級了之前的病毒，只要把這個新病毒放進TPR系統里，就會讓電力系統的TTY防御系統癱瘓。火狐(唐宸禹 飾)不放心楊燦，派了兩個手下跟著去執行任務。

常健安指示利用這次行動甩開敵人，策反教授。

楊燦帶著他的秘書“沈莉”、教授和火狐的兩個手下，五人偽裝成保衛部的，混入電力系統機房。教授找到主機，插入閃存等待值入病毒。

衛鐵軍(張永達 飾)帶隊進入大樓，混戰中殺死火狐的兩個手下，楊燦挾持衛鐵軍走出大樓，開車“逃走”。楊燦擺脫火狐后，帶著教授到約定的地點見到了女兒張玲玲。教授得知了真相。

教授深知只有消滅了綠瑪瑙，他和女兒才能真正的安全。作為綠瑪瑙基金暗夜計劃的技術總負責人，教授覺得自己也犯下了不少罪。綠瑪瑙殺害妻子，綁架女兒，還脅迫自己為他們做事，教授覺得不僅為了復仇，就是為了贖罪也要把綠瑪瑙一網打荊他愿意和特戰隊合作。教授建議借口TTY系統升級，新研制的病毒無法破解，然后引誘綠瑪瑙用自己的主網攻擊目標，趁機值入病毒，毀掉他們的系統，獲取他們的內部資料，做為他們犯罪的罪證。

綠瑪瑙的會長親自來中國督戰。火狐前去接機。

林指山(陳逸恒 飾)宣布暗夜計劃實施，病毒開始破解系統。任何知道暗夜計劃的人都不能離開BY集團總部大樓。

陸長風(曹克難 飾)做最后的戰前部署。他向大家出示敵人的主犯林指山、藍雪(繆海梅 飾)和火狐。當需要特別保護人員的照片中出現楊燦、柳詩文(周庭伊 飾)和那敏時，隊員們都長吁一口氣，原來之前錯怪楊燦了，他和那隊并沒有離開，一直和大家在一起并肩戰斗。得知那敏沒有犧牲，厲劍峰的眼眶紅了。

教授值入的新病毒沒有奏效，因為電力中心升級了TTY防御系統。教授建議用綠瑪瑙基金的主網，強行攻入電力系統內部。但這項行動需要得知電力系統的網絡密碼。會長從火狐那得知林指山的病毒并沒有攻克TPR系統的防御體系，生氣地撤回了資金資助。林指山急于逼楊愛萍(馬艷麗 飾)說出系統設置的網絡密鑰。

詩文肚子痛，林指山安排藍雪送她去醫院檢查。在醫院，詩文正好遇到因為勞累過度而送來醫院的楊愛萍。詩文陪楊愛萍一起回家，發現林指山正在家里。