在實戰演習中，雖然 楊燦(朱雨辰 飾)的行為解救了人質，但由于他私自行動，違反了紀律，常健安還是給楊燦記了一個處分。

黑日組織的一號頭目山貓(王堅定 飾)在攝像機面前，殘忍地殺害了一名國際刑警。由于反恐特戰隊的參與，化工廠爆炸計劃和軍火交易行動均遭失敗，這激怒了山貓。他決心親自帶領七十多個在基地秘密受訓的雇傭軍，入境制造一起恐怖事件。

陸長風(曹克難 飾)親自把“神鷹特戰隊”的旗幟交給 那敏(王力可 飾)，讓她當代理隊長。隊員們都在議論，以后誰會是隊長。

常健安收到在黑日組織的臥底颶風的情報，設計了代號為龍卷風的作戰方案。雪狼特戰隊負責攔截恐怖組織車輛，新成立的神鷹特戰隊負責實施空中打擊，支援雪狼特戰隊。

山貓在快入境時，突然決定改變路線，轉向045號入境口。由于地形復雜，雪狼特戰隊只得徒步前往目地的，攔截恐怖組織車輛的任務就只有交給神鷹特戰隊。

山貓帶領的車隊剛入境，就發現中了反恐特戰隊的埋伏，他發現坐在身邊的颶風是特戰隊的臥底，在打斗中，颶風受傷暈了過去。雙方發生了激烈的槍戰，山貓見形勢不對，命屬下開車逃回邊境。楊燦見山貓要逃走，不聽那敏的命令，果斷地架駛飛機，冒著危險追蹤山貓的車輛。這時雪狼特戰隊趕到，那敏把圍剿剩余恐怖分子的任務交給塔西(張晶 飾)，也開車去追捕山貓。

在一座廢棄的房子里，山貓用槍頂著代號颶風——特戰隊員厲劍峰的頭，要楊燦和那敏放下槍。厲劍峰用隊長的口吻，要那敏和楊燦服從命令開槍。楊燦卻向那敏施暗號，要那敏一起把槍放下。山貓準備帶厲劍峰逃走時，發現楊燦手中拿著炸彈的遙控器。原來，楊燦在進來之間，在門口布置了炸藥。楊燦問山貓是想同歸于盡還是自首，在山貓猶豫的瞬間，楊燦奪下了山貓手中的槍。

黑日組織一號人物山貓被捕，二號人物格爾特暴怒不止，發誓要報仇。他得知出賣山貓的人是特戰隊成員厲劍峰，三年前偽裝成被中國政府通輯的逃犯進入基地的。

那敏和厲劍峰兩位曾經的戀人分別多年后，以這樣的方式重逢，那敏心中的疑問這才解開，眼淚忍不住流了下來。

在龍卷風行動中成功抓捕了山貓，常健安給神鷹特戰隊頒布集體二等功。楊燦臨危不亂，救出臥底人員，抓捕山貓，獲得個人二等功一次。但他擅自離隊行動，又記一次大過，功過相抵。楊燦不同意功過相抵，要求分開算，向常健安討要功章。