玉鼎真人希望李靖(牟鳳彬 飾)能顧念天下蒼生成全此事，李靖知道終究躲不過去，也只能放任離開。玉鼎真人帶著哪吒穿越城門而去，李靖無能為力，只是希望將來哪吒不要記恨他。

昆侖仙院招來了各方有靈性的孩子們云集此處，太乙真人(狄龍 飾)告訴眾人修煉只能在仙院，不得進入禁地云仙洞。且還安排了各科的師傅們，孩子當中也混入了兩個大帝的奸細嘟咕二娃。

因為哪吒是一個凡人，嘟咕二娃想要欺負哪吒，摩昂(代超 飾)護著哪吒，因為哪吒是小龍女(吳佳怡 飾)的朋友，也就是他的朋友。丑丞相打聽到仙院有結界，只有七彩寶珠才能打開，而七彩寶珠在楊戩(高梓淇 飾)的手里不容易拿到。玉纖(高洋 飾)打算讓嘟咕二娃偷七彩寶珠，設法破了結界進去救出大帝。

哪吒練習飛行之術無論如何都飛不起來，被眾人恥笑，小龍女維護哪吒。哪吒一聽說凡人學習仙法需要千百年時間，嚇得立刻就要不學習了。

太真人特意告訴所有師傅們哪吒是他門下的靈珠子投胎轉世，希望大家都能對哪吒格外關照，希望哪吒能早日得道成為仙門有用的人才。

哪吒也很多次想要回家，認為自己再學也學不好，而且還思念母親，一直都是摩昂從旁鼓勵，希望哪吒能修成仙人。

嘟咕二娃在仙院化名金寶和銀寶，因為偷偷跑去云仙洞探查次日上課犯困被師傅杖責了一下。哪吒因為聯系火術炸毀了老師的頭發被罰站。

小龍女把藏在水令牌里的水精靈放出來和哪吒認識，三個人一起玩耍結為了好友。哪吒因為沒有上課，小龍女也不顧先生馬上就要到了被責罰而跑去找哪吒。哪吒把自己的糖水棍給了小龍女一個，兩個人就是不想上課在哪吒的帶領下決定逃課去往云仙洞。

恰好被天兒師傅看見，嚇得哪吒和小龍女掉頭就跑摔了胳膊，天兒慌忙上去幫哪吒治好胳膊。哪吒告訴天兒今天是他拉著小龍女去的，希望責罰時候只責罰他一個人。哪吒不想學習，因此也不怕被逐出去，天兒答應只要二人都好好學習，她就永遠不說出去，哪吒答應了。

哪吒痕香知道昆侖仙院為何會選擇了他來這里，在哪吒看來自己沒有特長，學什么都不會。太乙真人就將來龍去脈告訴哪吒，希望他有一天能造福百姓。太乙真人告訴哪吒水滴石穿的道理，只要堅持不管做什么都有成功的那一天，哪吒深受教誨。

從那一天開始，哪吒就認真學習再也不逃課，和水精靈小龍女，摩昂成為了好友。就這樣從小玩到大，從小一起學習成長，只有金寶和銀寶一直沒有長大，兩個人都快有了心結。

天妖星蔽日的日期將近，困住大帝的石頭也開始碎裂，太乙真人擔心有妖人已經混入了，而昆侖仙院的劫數將至。太乙真人前往加大封印。

小龍女奉炎姬師傅的命令給太乙真人送卷軸，卻不小心跌倒，將卷軸撒入水中。小龍女放出金水令牌里的水精靈撈出那些卷軸，結果卻被金寶和銀寶看見，金寶打算去偷小龍女的金水令牌對付云仙洞的結界。

銀寶趁小龍女不注意時候拿走了令牌，小龍女發現后立刻讓哪吒和摩昂去追趕。金寶則吃下了變化的藥物變化成了炎姬師傅去勾引楊戩。因為金寶發現了楊戩喜歡炎姬，正是利用這一點金寶弄暈了楊戩偷走了七彩寶珠。

哪吒三人一路追趕銀寶到了云仙洞，銀寶被風火輪所控制，為了自保銀寶裝死。趁著風火輪和哪吒三人打斗之時銀寶跑去找到了大帝，送上了金水令牌。風火輪恰好趕來攻擊銀寶，卻不料擊飛了銀寶手中的金水令牌，令牌恰好砸打開了大帝的禁制。

玉仙輪是囚禁了大帝五百年的精靈，大帝一旦獲得了自由恨不得捏碎了玉仙輪，恰好哪吒三人趕到，哪吒機緣巧合吞下了玉仙輪精靈。玉仙輪被哪吒收伏二人合二為一，玉仙輪和哪吒一起對抗大帝。

與此同時，妖族大軍也攻打昆侖仙院，金保利用七彩寶珠打開了結界，幾位師傅都和妖族的人展開搏斗。大家都看到云仙洞出事飛過去幫忙。妖王大帝根本就沒把這些人放在眼中。